临床药学系成立于2009年8月。学系以皇冠新体育和一附院药学部为主体，同时依托二附院、附属儿童医院、附属逸夫医院、附属肿瘤医院、鼓楼临床医学院、第四附属医院等其它教学基地联合办学。目前学系共有学校编制教师9人，其中教授3人，副教授3人（博士生导师3人，硕士生导师1人），讲师3人，已形成一支知识、年龄结构合理、有交叉学科优势的学科队伍。全系教师致力于教学改革，积极参与编写国家级规划教材多部，承担教研教改项目，在SCI杂志或国内教育教学期刊发表教研论文10余篇。全系教师积极致力于科研工作，近年来取得了突出的科研成绩，先后承担了包括国家自然科学基金委优秀青年基金等20余项国家级研究课题和省部级研究课题，形成了一批高水平的科研成果，多篇学术论文发表于国际高水平期刊，并主编出版学术专著2部、多项研究成果获得发明专利授权。

              学系主任：王永庆（教授，博士生导师，一附院药学部主任）

学系常务副主任：李歆（教授）

学系副主任：王义俊（二附院药学部主任）、唐玉林（附属逸夫医院药学部主任）、许静（附属儿童医院药学部主任）、娄晟（附属南京医院药学部主任）、魏继福（附属肿瘤医院药学部主任）、张晋萍（鼓楼临床医学院药学部副主任）、戴柔丽（四附院医务部副主任）

学系成员（学校编制）：陈芸（教授）、方丹君（教授）、刘利萍（副教授）、许飞飞（副教授）、姚东宁（副教授）、胡晔晨（讲师）、尚琳琳（讲师）、陶田甜（讲师）